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统筹考虑国内国际面临的新形势、疫情影响、技术进步、电源结构优化、保障能源供应等因素，结合第一个履约周期全国碳市场实际运行经验，《2021、2022年全国碳排放权交易配额总量设定与分配实施方案》按如下基本原则编制。
一是坚持服务大局。《方案》综合考虑了2021和2022年新冠疫情、国际国内经济形势、保障能源供应等因素可能给发电企业带来的实际影响，并结合电力行业碳达峰、碳中和目标路径和近两年温室气体排放控制工作进展，在量化分析行业碳排放强度变化情况的基础上科学设定基准值。《方案》基于强度控制设计，不要求企业温室气体排放量绝对降低，而是基于实际产出量，即实际供电量越大，获得配额也越多，不会对电力生产总量形成约束，不影响电力供应保障，这和我国应对气候变化工作处在碳达峰前期的发展阶段是完全契合的。
二是坚持稳中求进。为积极稳妥推进碳达峰碳中和，稳步推动全国碳市场建设，2021、2022年度配额分配方案总体上延续2019—2020年的分配框架，基于强度控制设计配额分配方案的思路不变，配额分配覆盖主体范围基本不变，配额分配相关工作流程不变。此外，综合考虑技术进步、老旧机组淘汰等因素对碳排放强度的影响，结合2019—2020年配额分配实际情况及2021年碳排放数据核查结果，优化调整各类机组的供电、供热基准值，保证行业配额总量和排放总量基本相当。
三是坚持政策导向。鼓励大容量、高能效、低排放机组和承担热电联产任务等机组，鼓励机组参与电力调峰，使其拥有较多的配额盈余，在碳市场出售配额获得收益。在《方案》中，采用供热量修正系数、负荷（出力）系数修正系数对热电联产机组以及火电机组调峰、保障可再生能源上网方面予以鼓励支持，促进电源结构优化。
